Mein Vorsatz, für das Projektmanagement meiner Diplomarbeit das Web-basierte Basecamp zu verwenden, ist schon jetzt gescheitert – ich erkenne keinen Vorteil, nur Zusatzaufwand.
Ansonsten kommt hauptsächlich Altbewährtes zum Einsatz:
- TextMate – Text und LaTeX-Quellcode komfortabel schreiben
- LaTeX – sobald es sichtbaren Inhalt gibt für den Textsatz
- Subversion – Repository auf dem Server mit allen(!) zugehörigen Dateien (Synchronisation, Versionierung und Backup)
- Trac – auch auf dem Server,
erstmal nur zum Repository-Browsenfür Wiki und Kommunikation - Google Kalender – zum Planen der Termine und Deadlines
- Versions – Bonus: Klickibunti-Subversion-Client für den Mac
Und ansonsten natürlich viel Papier, ein Stabilo Boss und unzählige Tassen Kaffee.

Die Tools klingen ja schonmal nicht verkehrt, bis auf den Kaffee würde ich es vermutlich ähnlich angehen.
Ich wünsch’ Dir viel Erfolg!